もし世界がまだ仮想世界［マトリックス］に支配されていたとしたら――？ネオは、最近自分の生きている世界の違和感に気付き始めていた。やがて覚醒したネオは、［マトリックス］に囚われているトリニティーを救うため、何十億もの人類を救うため、［マトリックス］との新たな戦いに身を投じていく。